آموزش مبانی طراحی پرایمر (رایگان)

آموزش مبانی طراحی پرایمر (رایگان)، بخشی از آموزش PCR و طراحی پرایمر با نرم افزار GENE RUNNER میباشد. پرایمر‌های الیگونوکلئوتیدی هنگام اجرای واکنش PCR ضروری هستند. باید پرایمر‌هایی طراحی کرد که مکمل ناحیه الگوی DNA باشند. آن‌ها به صورت شیمیایی با اتصال نوکلئوتید‌ها به یکدیگر سنتز می‌شوند. هنگام افزودن یک نوکلئوتید در یک زمان، باید به طور انتخابی گروه‌های واکنش‌گر روی یک نوکلئوتید را مسدود و مکرراً مسدود کرد. ویژگی اصلی پرایمر‌ها این است که باید با توالی‌های روی مولکول الگو مطابقت داشته باشند (باید مکمل رشته الگو باشند). با این حال، پرایمر‌ها نیازی به مطابقت کامل با رشته الگو ندارند. با این حال، ضروری است که انتهای ۳ پرایمر به طور کامل با رشته DNA الگو مطابقت داشته باشد، بنابراین ازدیاد طول می‌تواند ادامه یابد.

اندازه پرایمر نیز بسیار مهم است. پرایمر‌های کوتاه عمدتاً برای تقویت یک قطعه کوچک و ساده از DNA استفاده می‌شود. از سوی دیگر، یک پرایمر طولانی برای تکثیر نمونه DNA ژنومی یوکاریوتی استفاده می‌شود. با این حال، یک پرایمر نباید خیلی طولانی باشد (پرایمر‌های ۳۰ متری) یا خیلی کوتاه باشد. پرایمر‌های کوتاه محصول تکثیر DNA غیر دقیق و غیر اختصاصی را تولید می‌کنند و پرایمر‌های طولانی سرعت هیبریداسیون کندتری را به همراه دارد. به طور متوسط، قطعه DNA که نیاز به تکثیر دارد باید بین ۱-۱۰ کیلوبایت باشد.

ساختار پرایمر باید نسبتاً ساده باشد و فاقد ساختار ثانویه داخلی باشد تا از چین خوردگی داخلی جلوگیری شود. همچنین باید از بازپخت پرایمر-پرایمر که دایمر‌های پرایمر ایجاد می‌کند و فرآیند تقویت را مختل می‌کند، اجتناب کرد. هنگام طراحی، اگر مطمئن نیستید که چه نوکلئوتیدی را در یک موقعیت خاص در پرایمر قرار دهید، می‌توانید بیش از یک نوکلئوتید را در آن موقعیت قرار دهید که به آن مکان مخلوط می‌گویند. همچنین می‌توان از یک درج مولکولی مبتنی بر نوکلئوتید (اینوزین) به جای یک نوکلئوتید معمولی برای قابلیت‌های جفت شدن گسترده‌تر استفاده کرد.

با در نظر گرفتن اطلاعات فوق، پرایمرها به طور کلی باید دارای خواص زیر باشند:

طول پایه 18-24
محتوای G/C 40-60٪
شروع و پایان با 1-2 جفت G/C
دمای ذوب (Tm) 50-60 درجه سانتیگراد
جفت پرایمرها باید دارای Tm در 5 درجه سانتیگراد از یکدیگر باشند
جفت های پرایمر نباید مناطق مکمل داشته باشند

در درسواره آموزش مبانی طراحی پرایمر (رایگان)، به مباحث ذیل بصورت مفهومی پرداخته شده است :

1. آموزش کامل پرایمر
2. ساختارهای ثانویه
3. شرایط پرایمرایده آل درPCR
4. دمای ذوب پرایمر یاTM
5. دمای اتصل پرایمر یا Ta